金州副都统衙门由五进院落组成，全部建筑沿中轴线对等排列，共有建筑17栋53间，有副都统公馆、大堂、印务处、左司、右司等副都统机构。此建筑具有典型的明清时期东北方古代建筑风格和官衙建筑特点，是国内目前保存最为完好的清代二品官衙，衙门及内部机构对研究清代官衙建筑和东北地方史有极其重要的意义。是大连市爱国主义教育基地和重点保护建筑。
1843年3月7日，清政府移驻熊岳副都统衙署于金州城内，统辖金州、旅顺水师营协领和复州、盖州、熊岳城守尉，管理旗民和军事要务，隶属盛京将军。俗称“旗衙门”。1900年7月27日驻旅大沙俄军队强占金州城，撕毁中俄《续订旅大租地条约》中金州城由中国自行治理的条款，从此，金州副都统衙署被撤销。
历任副都统姓名及任职时间如下：
祥 厚 道光二十三年（1843）二月至道光二十八年（1848）十二月
贵 升 道光二十八年（1848）十二月至道光二十九年十一月
庆 玺 道光二十九年（1849）十一月至咸丰元年（1851）正月
瑞 昌 咸丰元年（1851）正月至咸丰三年（1853）正月
喀通阿 咸丰三年（1853）正月至咸丰三年（1853）二月
萨炳阿 咸丰三年（1853）二月至咸丰四年（1854）五月
庆 如 咸丰四年（1854）五月至咸丰五年（1855）二月
增 庆 咸丰五年（1855）二月至咸丰五年（1855）十二月
希拉布 咸丰五年（1855）至同治四年（1865）润五月
安 图 同治四年（1865）润五月至同治十三年（1874）七月
毓 福 同治十三年（1874）年四月至光绪元年（1875）五月
诚 廉 光绪元年（1875）四月至光绪五年（1879）十一月
恩 佑 光绪五年（1879）十一月至光绪十年（1884）十二月
文 格 光绪十年（1884）十二月至光绪十三年（1887）三月
联 恩 光绪十三年（1887）三月至光绪十四年（1888）四月
连 顺 光绪十四年（1888）五月至光绪二十年（1894）十一月
穆隆阿 光绪二十年（1894）十一月至光绪二十年（1894）十二月
德升阿 光绪二十年（1894）十二月至光绪二十一年（1895）十月
寿 长 光绪二十一年（1895）十月至光绪二十四年（1898）七月
奎 铎 光绪二十四年（1898）七月至光绪二十四年（1898）十月
明 顺 光绪二十四年（1898）年十月至光绪二十六年（1900）六月
注：清光绪二十四年（1898）十月以后，至光绪二十六年（1900）六月，由旅顺协领福升代理金州副都统。
金州副都统衙门博物馆
金州副都统衙门博物馆位于大连市金州区拥政街道民主街255号，这里先后为明代的金州卫治所、清代的金州副都统衙门、日本殖民统治时期的“金州警察署”、解放后金县公安局旧址。1999年，金州区公安分局搬迁后，有关部门拆除该衙署，在原址上按照原建筑的布局进行翻建。翻建后的衙署在总体布局上基本保持了原有的风格。建筑及附属园林总面积9000多平方米，各单体建筑均为土木结构，建筑类型为硬山式，梁枋彩绘以青黑为主。翻建后的衙署展现了辽南地区清代极盛时期官式建筑的风格，常年进行文物陈列和史实图片展览，定期举行金州副都统巡游表演，重现八旗军尚武雄风和满族姑娘优美舞姿。金州副都统衙门是市级文物保护单位，是大连市爱国主义教育基地。